一次面接を受けた時点で、入社する意思がなくなった場合には、その段階でお断りされた方が良いですね。
選考が進むにつれ、企業側も「入社してくれるもの」と見なしますから、無意味に二次面接に参加することは避けましょう。また、連絡が遅くなればなるほど、企業へ迷惑を掛けることになりますので、できるかぎり早めの連絡を心掛けてくださいね。
また、辞退する時の連絡手段は、メールよりもお電話の方が確実性があるため好ましいです。担当者の方に、選考を辞退したい旨と、申し訳ないというお気持ちを告げていただければ十分ですから、ご安心ください。